68 件の論文
本論文は、Pichia pastoris において、in-situ 標的塩基編集とナノボディ駆動型バイオセンサーを組み合わせた BINDER 戦略を開発し、11 万超の突然変異体からヒト血清アルブミンの分泌を最大 1.78 倍向上させる 2 つの重要変異を同定することで、産業用発酵における 23.43 g/L という最高記録の生産量を実現したことを報告しています。
本研究では、SNAP タグとイントリンを介したタンパク質スプライシング反応を組み合わせた「CLUSTER」と呼ばれる 5 kDa の小型共役タグを開発し、生細胞内でタンパク質を最小限の撹乱で効率的かつ特異的に標識する新たな手法を提案しています。
本論文は、固形腫瘍浸透能の向上を目的とした CCR8 過発現 CAR T 細胞の戦略について、調和化されたプロトコルを用いた 2 拠点での前臨床検証を実施し、細胞療法におけるマルチセンター研究の可行性と臨床転換への意義を実証したものである。
本論文は、ブラウワーの不動点定理に基づく幾何学的アプローチと区間ベースの到達可能性解析を組み合わせることで、生体分子オシレーターにおけるリミットサイクルの存在証明とその局在化を厳密かつ簡潔に行う手法を提示しています。
本研究は、CRISPRi 技術を用いた大規模スクリーニングにより、リコペン生産に寄与する E. coli の代謝経路上の遺伝子調節因子を同定し、高価値イソプレノイド生産の効率化に向けた新たな遺伝的標的と汎用的な手法を確立したものである。
この研究では、シアンバクテリアにおける異種酵素の発現実態を定量的に解析し、多くの酵素が分解を受けることを明らかにするとともに、遺伝子配列の最適化よりもホモログ酵素への置換が有効な解決策であることを示しました。
本論文は、従来のアラインメントを必要とせず、生成フローネットワーク（GFlowNet）を用いて配列生成と系統推論を同時に行う「AncestorGFN」という手法を提案し、系統樹の探索空間の爆発的増大やアラインメントの誤りといった課題を克服する新たなアプローチの基礎を確立したことを示しています。
本論文は、整数線形計画法を用いて宿主特異的なコドン使用頻度の制約を満たしつつ、同一タンパク質をコードする DNA 配列間の共有部分配列を最小化することで合成生物学的な安定性を向上させる、新規な最適化アルゴリズム「SIRIUS」を提案し、その有効性を示したものである。
本論文は、酵母のゲノム上の挿入部位を系統的に評価し、その文脈から発現量を予測する「YeIP」というフレームワークを開発することで、プロモーターや遺伝子コピー数を変更することなく、代謝経路の遺伝子発現を合理的に最適化できることを実証しました。
本論文は、自然言語処理と大規模言語モデルを統合した自動化ワークフローを用いて CAR T 細胞シグナル伝達に関する知識グラフを構築し、次世代 CAR 設計の予測や候補分子の選定に資する構造化された知識基盤を提供するものである。
この論文は、IoT と DNA-of-Things の特性を統合し、情報変換からナノ粒子封入、可視化、多段階認証までの全工程をカバーする「InfinMark」と呼ばれるエンドツーエンドの二重モード偽造防止フレームワークを開発したことを報告しています。
本研究では、DNA を用いて構築した人工核様コンパートメント（プロトヌクレウス）を導入し、細胞環境の複雑さを再現することで、従来の試験管内実験では予測できなかった FUS タンパク質の相分離挙動や凝集抑制メカニズムを解明しました。
本論文は、バッチ培養中の大腸菌において細胞の生理状態に依存して変化する遺伝子発現ダイナミクスを考慮し、ゲインスケジューリング制御とフィードフォワード制御を組み合わせることで、外乱に対するロバストな遺伝子発現制御を実現する枠組みを提案するものである。
本論文は、分裂酵母の rpb9 遺伝子座をヒトの POLR2I 遺伝子で置換する「ヒト化」戦略を用いて、両者の機能と構造の保存性を検証し、細胞増殖やストレス応答などの保存された役割に加え、ヘテロクロマチン形成や抗がん剤耐性といった新たな保存機能の同定、および 6-AU 耐性における発現量依存性の機能差異を明らかにしたものである。
本論文は、大腸菌の表面ディスプレイとファージディスプレイを組み合わせ、人工的なライブラリ構築や動物免疫を不要とし、1 日あたり 5 兆以上の変異候補を連続的に進化させることでナノボディを効率的に創出する「SurPhACE」という新手法を提案し、その有効性とベストプラクティスを示したものである。
本研究では、VVD ドメインとリンカー領域の標的改変により、動的範囲の拡大と活性化速度の向上を実現した改良型 LightR 変異体を開発し、持続的な Src キナーゼの活性化から細胞内シグナル伝達を模倣するための迅速かつ可逆的な制御まで、多様な光遺伝学的応用に対応する柔軟性を備えたツールを提示しました。
本論文は、定量的 PCR（qPCR）を用いて DNA ナノ構造体における個々のリガーゼ反応を単一ニッケルレベルで定量的に解析し、リガーゼのドッキング確率の違いによりエッジ部で優先的に反応が起こることを実証するとともに、DMSO 共溶媒系を用いることでこの偏りを解消できることを示した。
この論文は、哺乳類細胞内で抗 CRISPR 蛋白による選択圧を利用し、CRISPR-Cas9 の DNA 結合能や AcrIIA4 に対する耐性を大幅に向上させた変異体を直接進化させるための新プラットフォーム「CRISPR-MACE」を開発したことを報告しています。
本研究では、AAV カプシドにスパイタグを挿入し、ホーミングタンパク質と共有結合させる「MATCH」と呼ばれるモジュール化された生化学的手法を開発し、これによりCD3 抗体やトランスフェリン受容体結合タンパク質などの標的リガンドを効率的に結合させ、T 細胞や血液脳関門を通過した脳組織などへの遺伝子導入を可能にする、理にかなった AAV トロピズム改変のための汎用的かつスケーラブルなツールボックスを確立しました。
本研究では、synNotch-CAR T 細胞のシグナル伝達と遺伝子発現を記述する微分方程式モデルを開発し、感度分析を通じてリガンド結合やプロモーター強度など、治療応用における動的な調整を可能にする重要な工学ターゲットを特定しました。